4) Осуществление мероприятий по обеспечению транспортной безопасности объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств, находящихся в оперативном управлении у Администрации;
5) Государственная регистрация судов в Государственном судовом реестре, реестре арендованных иностранных судов, реестре строящихся судов;
6) Выдача удостоверений личности моряка;
7) Организацию мероприятий по обеспечению мобилизационной подготовки в Администрации и организациях внутреннего водного транспорта, проведение в Администрации мероприятий по гражданской обороне, защите государственной тайны и конфиденциальных сведений, безопасности шифровальной службы;
8) Согласование названий судов внутреннего водного транспорта при регистрации их в государственном реестре;
9) Дипломирование лиц командного состава судов и членов экипажей спортивных парусных судов;
10) Выдача лоцманских удостоверений о праве лоцманской проводки судов;
11) Организация проведения работ по ликвидации разливов нефти и нефтепродуктов на внутренних водных путях с судов и объектов речного транспорта;
12) Выявление и учет бесхозяйных судов, установление их владельцев;
13) Выдача свидетельств о минимальном составе экипажа судна.